Emilia Malinowska pełni funkcję Dyrektora Departamentu Innowacji i Przedsiębiorczości w Urzędzie Marszałkowskim Województwa Podlaskiego, który jest odpowiedzialny na wdrażanie środków europejskich w zakresie badań, innowacji i przedsiębiorczości (w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Podlaskiego na lata 2014-2020 oraz programu Fundusze Europejskie dla Podlaskiego 2021-2027). Aktywnie uczestniczyła w pracach nad opracowaniem, aktualizacją i wdrażaniem dokumentów strategicznych, takich jak Strategia Rozwoju Województwa Podlaskiego czy Plan rozwoju przedsiębiorczości w oparciu o inteligentne specjalizacje województwa podlaskiego (RIS3).  Ekspert obszaru EIC (European Innovation Council) w programie Horyzont Europa.